Juan Manuel Santos

Après le rejet du premier accord, le gouvernement et les FARC ont négocié un texte révisé intégrant de nombreuses demandes des opposants. Santos a choisi de le faire ratifier par le Congrès plutôt que d'organiser un nouveau référendum. La mise en œuvre, les peines de la JEP et le rythme d'exécution restent contestés dix ans plus tard.

Le Conseil national électoral a enquêté sur l'éventuelle entrée de fonds non déclarés dans la campagne présidentielle de Santos en 2014, dans le contexte des révélations Odebrecht. En 2021, le CNE a classé l'enquête préliminaire à l'unanimité faute de fait nouveau permettant d'établir une responsabilité.

L'accord négocié pendant quatre ans par le gouvernement Santos avec les FARC a été rejeté de justesse par les électeurs, le « non » l'emportant avec environ 50,2 %. Les opposants dénonçaient notamment des sanctions jugées trop clémentes et les garanties politiques offertes aux ex-guérilleros.

L'administration Santos a fait adopter le « Marco Jurídico para la Paz », permettant de concentrer les poursuites sur les principaux responsables et de définir des mécanismes de justice transitionnelle. Human Rights Watch et d'autres organisations ont averti que certaines dispositions pouvaient favoriser l'impunité pour des atrocités.

Le gouvernement Santos a soutenu une réforme élargissant la compétence de la justice militaire. Des organisations de défense des droits humains ont averti qu'elle risquait de transférer des dossiers d'exécutions extrajudiciaires hors de la justice ordinaire. La Cour constitutionnelle a annulé la réforme en 2013 pour vices de procédure.

Des milliers d'agriculteurs, travailleurs et étudiants ont protesté contre les politiques agricoles et commerciales du gouvernement. Les manifestations ont donné lieu à des affrontements avec la police et Santos a fini par reconnaître publiquement l'existence d'une crise dans le secteur agricole.

Le gouvernement Santos avait soutenu une vaste réforme de la justice, mais la conciliation parlementaire y a ajouté des dispositions susceptibles de favoriser des responsables sous enquête. Santos a publiquement dénoncé ces ajouts et renvoyé le texte au Congrès avec des objections.

Alors ministre de la Défense, Santos a dirigé le ministère durant la période où le scandale des « faux positifs » a culminé. Des unités militaires ont tué des civils et les ont présentés comme combattants afin d'améliorer leurs résultats; le gouvernement a ensuite limogé plusieurs officiers et modifié des incitations.

Santos, alors ministre de la Défense, a annoncé l'opération qui a tué le dirigeant des FARC Raúl Reyes dans un camp situé en territoire équatorien, à proximité de la frontière. L'incursion a déclenché une grave crise diplomatique avec l'Équateur et le Venezuela.

Après le sauvetage de quinze otages des FARC lors de l'opération Jaque, le gouvernement a reconnu qu'un militaire avait utilisé sans autorisation l'emblème du CICR. Santos a aussi confirmé qu'un membre de l'équipe s'était fait passer pour un journaliste de Telesur, ce qui a suscité des protestations de la chaîne et du CICR.